Le fondateur du Reiki est Mikao Usui, né le 15 août 1865.
Dans sa jeunesse, il étudie le Kiko au temple bouddhiste de Tendaï sur le mont Kurama, au nord de Kyoto. Le Kiko (le terme Kiko est apparu au Japon dans les années 1970) est une version japonaise du Qi Gong.
Vers 1894, ses recherches l'amènent à rencontrer Watanabe Kioshi Itami, qui lui apporta des éclaircissements et qui lui valut de se convertir du Tendaï au Shingon. Il aurait suivi des études en médecine et en psychologie.
Il changera souvent de profession : homme d'affaires, journaliste, employé de bureau et grâce à sa formation aux arts martiaux, il deviendra garde du corps de Shinpei Goto qui fut maire de Tokyo. En 1914 ses affaires périclitent, il décide de devenir moine bouddhiste. En 1922, à la suite d'une retraite de 21 jours sur le Mont Kurama-yama (pratique que l'on nomme Shyu-Gyo), il reçoit l'enseignement des bases du Reiki dans une illumination (satori). Ses capacités de guérisseur lui ont été révélées au cours cette expérience transcendantale.
Il s'installe ensuite à Tokyo pour créer un centre de guérison Reiki et soigner. Puis dans la ville de Harajuku, il développe son enseignement en 6 degrés. En 1923, alors qu'un puissant tremblement de terre suivi d'une grippe ravagent Tokyo, Mikao Usui et son équipe travaillent à soigner les rescapés, ce qui lui vaut de se faire remettre par l'Empereur le "Kun San", la plus haute récompense japonaise.
L'ouverture d'un grand centre à Tokyo, et les voyages de Mikao Usui contribuent à populariser le Reiki au Japon. Il souhaite que le Reiki soit accessible à tous et non contrôlé par un groupe.Il décède le 9 mars 1926, à 60 ans, des suites d'une attaque cérébrale, il est enterré au temple de Saihoji dans le quartier de Suginami-Ku, à Tokyo, après avoir formé 17 maîtres enseignants, dont Chujiro Hayashi et Toshiro Eguchi qui vont grandement aider à la diffusion du Reiki de par le monde par l’intermédiare de Madame Hawayo Takata, première occidentale à être initiée par Chujiro Hayashi.
Mikao Usui est inhumé dans le cimetière du temple Saihoji, proche de Tokyo, et en février 1927, ses élèves lui érigeront une stèle lui rendant hommage et immortalisant son passage en ce monde.